软件安装教程

相关软件的安装指南

pymol在linux下的安装

环境准备

Manjaro Linux
pymol源码

当然也可以是Centos,Ubuntu等其他Linux操作系统,因为最近我在玩儿Manjaro Linux,所以用的是这个。

编译过程

需求包

具体看源码压缩包中的INSTALL文件,我安装了这些:

  • C++11 compiler (e.g. gcc 4.7+)
  • Python 2.7+
  • Pmw (Python Megawidgets) (optional, for legacy GUI/plugins) https://github.com/schrodinger/pmw-patched
  • GLEW
  • GLUT (freeglut) (optional, enable with –glut)
  • libpng
  • freetype
  • libxml2 (optional, for COLLADA export, disable with –no-libxml)
  • msgpack-c 2.1.5+ (optional, for fast MMTF loading and export, disable with –use-msgpackc=no)
  • mmtf-cpp (for fast MMTF export, disable with –use-msgpackc=no)
  • PyQt5, PyQt4, PySide2 or PySide (optional, will fall back to Tk interface if compiled with –glut)
  • glm
  • catch2 (optional, enable with –testing)

系统已经安装过了gcc9.1和python3.7

Pmw安装

下载,解压;
安装

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sudo python setup.py install

GLUT安装

下载,解压;
安装

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mkdir build
cd build
cmake ..
sudo make install

其他需求包直接命令安装

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sudo pacman -S glew
sudo pacman -S libpng
sudo pacman -S freetype2
sudo pacman -S libxml2
sudo pacman -S msgpack-c
sudo pacman -S libmmtf
sudo pacman -S pyqt5-common python-pyqt5
sudo pacman -S glm
sudo pacman -S catch2

pymol编译

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python setup.py install --prefix=~/pymol --glut --testing

编译成功后,会在pymol文件夹下生成可执行文件。

运行

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~/pymol/bin/pymol

界面:

???还不明白,那么看视频演示。。。

Gromacs 2018安装

软件包准备

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cd Desktop
mkdir gromcas2018
cd gromcas2018
mkdir fftw
mkdir gmx2018

fftw安装

解压

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tar -xvf fftw3.3.7.tar.gz

安装

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cd fftw3.3.7
./configure --prefix=/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/fftw --enable-shared --enable-float
make -j8
make install

openmpi安装

解压和安装

此处和fftw相同的步骤,由于我是单机安装,系统自带并行,所以我没有安装openmpi。服务器上编译的话也比较简单,编译完后把路径添加到.bashrc即可。不再多叙述。

gromacs编译

解压和安装

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tar -xvf gromacs2018.tar.gz
cd gromacs-2018
mkdir build
cd build

CPU版本

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cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/gmx2018 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/fftw/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/fftw/include" -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON  -DGMX_X11=on -DGMX_GPU=off -DBUILD_SHARED_IBS=on -DGMX_MPI=on

倘若在这里不加-DGMX_MPI=on,那么ubuntu将采用thread_mpi,最大支持32线程的cpu。加了以后为64

GPU版本

首先安装CUDA,这里我安装的为CUDA8.0,安装在/usr/local/cuda-8.0路径下面

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cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/gmx2018-gpu -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/fftw/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/mr_liu/Desktop/gromacs2018/fftw/include" -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_X11=on -DGMX_GPU=on -DBUILD_SHARED_IBS=on -DGMX_MPI=on -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DCUDA_NVCC_FLAGS=--Wno-deprecated-gpu-targets

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make -j8
make check
make install

最终安装完成图

补充

使用Ubuntu系统的小白安装方式

使用Ubuntu18.04以及以后版本的系统,其Ubuntu仓库自带的GROMACS版本为2018.1.1起,直接通过下面的命令即可安装:

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sudo apt install gromacs

使用Ubuntu16及以前的版本的单机用户,其Ubuntu仓库自带的GROMACS老版本为5.1.2,那么要使用2018较新版本时,最简单的方法就是通过更改仓库源:
通过编辑/etc/apt/sources.list文件,将里面的所有xenial改为bionic即可,略。
最后,通过sudo apt update更新,sudo apt install gromacs安装的GROMACS版本为2018.1,效果如下图。


2019版本gmx编译问题

从gromacs2019.1起,通过cmake 3.14.5编译gmx时候会出现-- Did not detect build CPU vendor - detection program did not compile,虽然cmake会通过,但是最终编译出的gmx版本是不支持SIMD的,因此需要按照下面的方式解决,更改cmake/gmxDetectCpu.cmake文件中:
原先为:

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set(_compile_definitions "${GCC_INLINE_ASM_DEFINE} -I${PROJECT_SOURCE_DIR}/src -DGMX_CPUINFO_STANDALONE ${GMX_STDLIB_CXX_FLAGS} -DGMX_TARGET_X86=${GMX_TARGET_X86_VALUE}")

更改后:

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set(_compile_definitions ${GCC_INLINE_ASM_DEFINE} -I${PROJECT_SOURCE_DIR}/src -DGMX_CPUINFO_STANDALONE ${GMX_STDLIB_CXX_FLAGS} -DGMX_TARGET_X86=${GMX_TARGET_X86_VALUE})

参考文献:

[1] gromacs2018安装教程
[2] Gromacs安装
[3] Gromacs 2019.3在macOS/Linux上的安装