各大版本Windows GROMACS下载

应多人需求,在这里放置了一些大版本的Windows GROMACS编译程序(CUDA 10版本,CPU需要支持AVX2指令集)供大家下载。原编译步骤的博文取消(对于非编程人员意义不大)。

最新版本 网盘链接 提取码 备注
4.6.7 Download zyyd -
5.1.5 Download rvk7 -
2016.6 Download u44v -
2018.8 Download dg9c -
2019.6 Download 7iq9 驱动版本**>=441.87**
2020.3 Download uqzu 驱动版本**>=425.25**
  • 特别提供
    • 有些人想要双精度版本的GROMACS,这里我也提供一个编译好的2019.6版本。双精度可不比前面的单精度,双精度只能使用CPU进行计算,速度非常慢,并且轨迹文件也是非常的大。一般用于特殊用途,比如简正分析,QM/MM计算等。
    • Plumed可以与很多常见的动力学软件结合进行复杂的增强采样,自由能计算等。这里我提供了一个包含Plumed补丁的GROMACS2019.4单精度CPU版本。
版本 网盘链接 提取码 备注
2019.6 Download nckg 双精度
2019.4 Download shxm Plumed

注意:

  • 一、如果你的机器没有显卡驱动,则默认调用的是CPU计算;如果你需要使用GPU加速,则至少要确保已经安装的驱动版本>=411.31。如果你对编译感兴趣或者在不同版本GROMACS编译中遇到问题,请在下方留言。
  • 二、我发布的Win版本包中都会有一个dssp-2.0.4.exe二进制程序,这个就是dssp,结合gmx do_dssp命令来分析蛋白二级结构的【目前不适用于GMX2018系列,原因也很简单,因为该版本的源码在win上有些问题,只能够以Linux命令的方式[> /dev/null]执行dssp,导致在win上运行[> nul]失败】。使用方式如下:
    设置好gmx环境变量,打开CMD窗口,输入以下命令设置临时dssp环境变量
    1
    set DSSP=D:\gmx\bin\dssp-2.0.4.exe
    这里假设我的dssp-2.0.4.exe程序位于D:\gmx\bin\dssp-2.0.4.exe,然后就可以正常使用gmx do_dssp命令了。
    如果需要永久一打开CMD窗口就能够使用,只需要在Windows环境变量中新建一个名为DSSP的变量,变量值设置为D:\gmx\bin\dssp-2.0.4.exe即可。

提醒:GROMACS2020.3版本修复了很多之前2020系列的bug,特别是分析工具这一块儿(gmx do_dssp, gmx hbond, gmx genrestr等等)。虽然我推荐从该版本开始体验2020系列,但是还是请 慎 用 !,因为也还有一些不爽的bug,相应的修复补丁可能要到2020.4才会merge完成。比如对于多个同种单分子体系,模拟完成后产生的gro文件中的分子编号始终为1的情况。当然这个补丁我直接应用到了上面的2020.3版本中。

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