新手快速了解学习GROMACS分子动力学

主要汇总了个人认为比较全面有用的资料。(持续更新中…)

教程

[1] From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package
主要以实例的方式介绍了用GROMACS2018模拟的7个例子。包括水中的溶菌酶、DPPC膜中的KALP15、伞形采样计算PMF、两相体系模拟、蛋白和配体复合物模拟、溶剂化自由能、虚拟位点。
[2] 官网提供的一些简短指南,在这里提供了我的翻译版
[3] QM/MM Study of the Nitrogenase MoFe Protein Resting State: Broken-Symmetry States, Protonation States, and QM Region Convergence in the FeMoco Active Site
一篇关于使用GROMACS/Chemshell/ORCA来模拟金属蛋白的研究,更多的具体步骤可以在这里找到(需要梯子)。

理论知识

[1] Best Practices for Foundations in Molecular Simulations
主要为初学者提供了一个起点,介绍了模拟之前应该考虑一些什么样的问题,并且指出了关键点以及推荐读者看的书籍。
[2] Best Practices for Quanti1cation of Uncertainty and Sampling Quality in Molecular Simulations
主要讨论了分子模拟过程中不确定度量化和采样质量评估相关的问题以及一些关键性分析。
[3] Avoiding False Positive Conclusions in Molecular Simulation The Importance of Replicas
分子模拟,进行重复模拟的必要性。至少10个副本才是更好的做法?!
[4] Best Practices for Computing Transport Properties 1. Self-Diffusivity and Viscosity from Equilibrium Molecular Dynamics
探讨了模拟过程中计算迁移性质(自扩散系数和黏度)需要注意的地方,包括系综的选择和参数的设置,值得一读。

硬件知识

[1] More Bang for Your Buck Improved use of GPU Nodes for GROMACS 2018 海报

详细地讨论了多种CPU和GPU以及组合后对GROMACS 2018软件运行性能的影响,可以引导读者如何选择性价比出色的硬件。上图不难看出,目前RTX2080显卡极具性价比,具备单个高端显卡加速的服务器来说CPU差距对性能影响不大。对于4显卡并行,最好需要双10核心CPU,单CPU很难将4显卡整体性能发挥出来。
[2] Are Gaming-Enabled Graphic Processing Unit Cards Convenient for Molecular Dynamics Simulation?
Amber和GROMACS的部分测试。
[3] GROMACS、NAMD的GPU性能测试基准
提供了一些最新GPU显卡计算性能比较,包括GROMACS和NAMD的测试。