MD

模拟过程中步骤和命令

蛋白和配体top文件的获取

蛋白质、DNA等大分子:

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$ gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -ignh

配体等小分子:(itp)

(1) GROMOS力场:ATB
{2} OPLS力场:TPPmktop
(3) 其他力场

组合gro和top文件

最后得到complex.gro和top文件

定义盒子并添加溶剂

定义方形盒子

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$ gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt cubic -d 1.0

加水模型

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$ gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

添加抗衡离子(成中性体系)

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2
$ gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
$ gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral

能量最小化

1
2
$ gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
$ gmx mdrun -v -deffnm em -nt 8

NVT和NPT平衡

平衡前需要给配体加位置限制

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$ gmx genrestr -f lig.gro -o posre_lig.itp -fc 1000 1000 1000

并在top中加入限字段

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3
4
;Ligand position restraints
#ifdef POSRES
#include "posre_lig.itp"
#endif

NVT:平衡温度

可能需要定义自己感兴趣的index文件

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$ gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr
$ gmx mdrun -deffnm nvt -v -nt 8

NPT:压力平衡

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2
$ gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr
$ gmx mdrun -deffnm npt -v -nt 8

成品MD

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2
$ gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
$ gmx mdrun -deffnm md -v -nt 8

分析