R语言学习小记

R语言学习杂记。

简介

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

使用方式

软件安装

官网下载R安装包并安装;为了便于使用,你还可以下载RStudio,两者配合美滋滋。

统计与绘图

互相关分析

  • 安装Bio3D安装包;打开RStudio软件,输入:

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    install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)

    等待安装完成,并且简单测试一下是否正确,依次输入:

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    library(bio3d) 
    help(package="bio3d")
    vignette(package="bio3d")
  • 轨迹转换。为了能够在该软件读取xtc/trrgro文件,首先通过命令vmd md.gro md.xtc加载轨迹,然后将其另存转换为md.dcd后缀文件;同时通过vmd或者gmx editconf命令将md.gro转换为md.pdb格式文件。

  • 轨迹加载到R。假设RStudio当前的路径设置在桌面,桌面创建example文件夹,文件夹里面包含md.dcdmd.pdb。依次输入以下命令加载文件:

    • 加载bio3d包:

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      library(bio3d)
    • 读取轨迹数据

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      dcdfile <- "example/md.dcd"
      pdbfile <- "example/md.pdb"
      dcd <- read.dcd(dcdfile)
      pdb <- read.pdb(pdbfile)
    • 显示轨迹相关信息

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      print(pdb)
      print(pdb$xyz)
      print(dcd)
  • 轨迹帧叠加。这里选择所有的C-alpha原子进行轨迹帧叠加,

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    ca.inds <- atom.select(pdb, elety="CA")

    然后将轨迹帧叠加到选择的C-alpha原子上:

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    xyz <- fit.xyz(fixed=pdb$xyz, mobile=dcd,
    fixed.inds=ca.inds$xyz,
    mobile.inds=ca.inds$xyz)

    完成以上步骤后查看维数是否一致:

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    dim(xyz) == dim(dcd)
  • 相关性分析。通过检查所有成对的互相关系数的大小,可以评估一个系统的原子涨落/位移相互关联的程度,输入以下命令,并绘图:

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    cij<-dccm(xyz[,ca.inds$xyz])
    plot(cij)

最后得到下图:

参考资料

[1] Bio3d example