Gromacs安装

下载安装包并解压

fftw
gromacs

FFTW安装

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$ mkdir gmxfftw
$ cd fftw3.3.x
$ ./configure --prefix=/home/mr_liu/lammps/gmxfftw --enable-float --enable-shared --enable-sse2
$ make -j4
$ make install

GROMACS安装

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$ mkdir gmx514
$ tar -xvf gromacs-5.1.4.tar.gz
$ cd gromacs-5.1.4
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mr_liu/lammps/gmx514 -DBUILD_SHARED_LIBS=on -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/home/mr_liu/lammps/gmxfftw/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/mr_liu/lammps/gmxfftw/include" -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_X11=on -DGMX_GPU=on -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DCUDA_NVCC_FLAGS=--Wno-deprecated-gpu-targets
$ make -j4
$ make check
$ make install

路径更改

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$ cd ~
$ nano .bashrc
$ export PATH="$PATH:/home/mr_liu/lammps/bin:/home/mr_liu/lammps/gmx514/bin:/usr/local/cuda-8.0/bin"
$ export PKG_CONFIG_PATH="$PKG_CONFIG_PATH:/home/mr_liu/lammps/gmxfftw/lib/pkgconfig:/home/mr_liu/lammps/gmx514/lib64/pkgconfig"
$ export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda-8.0/lib64"
$ source .bashrc

以上所述安装的为GPU加速版本,要关闭GPU请设置:-DGMX_GPU=off且去掉‘-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DCUDA_NVCC_FLAGS=–Wno-deprecated-gpu-targets’

附加:
Nvidia显卡安装

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$ sudo nano /etc/modeprobe.d/blacklist.conf
添加以下命令
blacklist nouveau
options nouveau modeset=0

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$ sudo update-initramfs -u
$ sudo reboot
$ lsmod | grep nouveau
$ sudo apt-get install nvidia-375 nvidia-settings nvidia-prime
或者直接用nvidia官方驱动
$ sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-375.39.run -no-opengl-files