Modules环境模块管理工具

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介绍

Modules环境模块管理工具安装和配置。

许多大型的服务器或者计算机集群上由于软件有非常多，用户各有各的需求，因此需要对这些软件进行管理，其中用的比较多的是通过Modules。

安装

系统使用Ubuntu 16.04

  • 依赖安装。编译安装modules源码需要一些依赖软件，直接命令安装即可：

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    sudo apt install automake autoconf autopoint tcl-dev tk-dev -y

  • modules编译安装。下载并编译，命令如下：

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    wget https://github.com/cea-hpc/modules/releases/download/v4.3.0/modules-4.3.0.tar.gz
    tar -xvf modules-4.3.0.tar.gz
    cd modules-4.3.0
    ./configure --prefix=/opt/Modules --modulefilesdir=/opt/Modules/modulefiles
    make -j4
    sudo make install

完成以后将在系统环境变量中添加一行：source /opt/Modules/init/profile.sh

模块配置

终端执行module avail可以查看可用的加载module，但是这些对你没用，你需要自己设置想要的模块。
下面简单的设置两个例子：

  • CUDA模块
    如果你想要使用CUDA(nvcc)，那么需要设置相应的加载模块文件，将其放到/opt/Modules/modulefiles 文件夹下，例如下面的名为cuda-10.0的modulefile：

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    #%Module1.0
    ##
    ##      cuda module
    ##

    set ver         10.0.130
    set modroot     /usr/local/cuda-10.0

    proc ModulesHelp { } {
            puts stderr "Sets up the paths you need to use cuda $ver."
    }

    prepend-path   PATH            $modroot/bin
    prepend-path   CUDA_PATH       $modroot
    prepend-path   LD_LIBRARY_PATH $modroot/lib
    prepend-path   LD_LIBRARY_PATH $modroot/lib64
    prepend-path   C_INCLUDE_PATH  $modroot/include
    prepend-path   LIBRARY_PATH    $modroot/lib64
    prepend-path   MANPATH         $modroot/doc/man/
    prepend-path   CUDA_TOP        $modroot
    prepend-path   CUDA_HOME       $modroot

  • 支持CUDA加速的GROMACS2019模块文件。同上，gmx2019.3文件内容如下：

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    #%Module1.0
    ##
    ##      gmx2019.3-cuda module
    ##

    module load cuda-10.0

    set base        /home/liuyujie714/Downloads/gmx2019
    set ver         2019.3
    set ver2        GNU

    setenv GMXBIN      $base/bin
    setenv GMXDATA     $base/share/gromacs
    setenv GMXLDLIB    $base/lib64
    setenv GMXMAN      $base/share/man
    setenv GROMACS_DIR $base

    prepend-path PATH            $base/bin
    prepend-path LD_LIBRARY_PATH $base/lib
    prepend-path LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
    prepend-path LIBRARY_PATH    $base/lib64
    prepend-path CPATH           $base/include/gromacs
    prepend-path MANPATH         $base/share/man
    prepend-path PKG_CONFIG_PATH $base/lib64/pkgconfig

可以看到使用gmx2019.3时，需要加载CUDA模块。

使用

设置好以后就可以加载使用了。比如你想要用CUDA，那么只需要在终端输入：

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module load cuda-10.0

如果想使用gmx2019.3，也只需要输入：

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module load gmx2019.3

module list可以查看已经加载的模块，module unload xxx可以卸载xxx模块。