基于GROMACS的辅助软件合集

主要整理一些基于GROMACS的辅助分析软件,侧重点在CC++编程。

g_contacts

原始文献参看g_contacts: Fast contact search in bio-molecular ensemble data,这个软件主要用途是得到在一定截断距离内(默认0.3 nm)两组原子之间的接触数以及接触频率,使用-resndx会输出接触残基对名称和频率(出现次数/总帧数)。直接处理GROMACS输出的轨迹,讲解了接触搜索的具体实现算法,源码采用纯C语言编写,默认是依赖于GROMACS4.6的库,如果要用高一点的版本(比如5.1.5),需要自行更改一下头文件的路径。我这里提供一个编译好的Windows版本,点击下载

GRADE

原始文献参看GRADE: A code to determine clathrate hydrate structures,这个工具是用来根据水的氧原子的原子坐标来确定网格状水合物的结构,也可以识别不同相水的四体序参数F4。软件采用C++编写,可能没有上面的那个简单。由于没有用到GROMACS库或xdrfile轨迹读取库,输入轨迹文件只能是GRO格式,可以自己扩展。

g_mmpbsa

这里不多说了,详见g-mmpbsa工具使用

Gromaps

原始文献参看Gromaps: A Gromacs-Based Toolset to Analyse Density Maps Derived from Molecular Dynamics Simulations,这个软件主要用途是产生一些轨迹密度图,考察密度分布,输出文件可以直接用pymol显示。此软件也是基于GROMACS库写的,使用C++,比较复杂。